El teu blog de Linux en català

Web

Després d’uns quants mesos amb la primera Beta de Skype 2.1, ahir va sortir la segona Beta. Pels qui no el conegueu, Skype és un programa de missatgeria instantània que ens ofereix poder comunicar-nos via xat, trucada de veu, vídeoconferència, transferència de fitxers, etc.

Logo de l'SkypeEl seu sistema de vídeoconferència és un dels que millor funciona en entorns GNU/Linux. Aquesta segona Beta, apart de solucionar problemes de la beta anterior, presenta algunes novetats, com ara:

  • Compartició d’escriptori
  • Permet canviar l’aspecte gràfic del programa sense reiniciar
  • Millora del rendiment de la missatgeria instantània

De moment, per a poder-nos instal·lar la Beta 2 de Skype 2.1 ens hem de baixar el programa des de la secció de descàrregues de Skype. Hi teniu disponibles fitxers instal·lables de Skype per a diverses distribucions.

Font: LinuxUndIch

Spotify és un dels serveis Web més famosos del moment. Gràcies a aquest programa, podem escoltar de manera gratuïta moltíssima música online, a canvi de visualitzar anuncis. De moment, no hi ha versió de Spotify nativa per a GNU/Linux, però en la pròpia pàgina d’Spotify ens expliquen com podem utilitzar la versió per a Windows, emulant-la a través de Wine.

Logo de Spotify

Així doncs, el primer que hem de fer és instal·lar-nos Wine. Aquest programa es troba en els repositoris de les distribucions més importants, o sigui que el podrem instal·lar directament des del nostre administrador de paquets. De tota manera, amb versions de Wine anteriors a la 1.1 el programa deixa de funcionar al cap d’un temps, i ens hem d’instal·lar una versió a partir de la 1.1. En el cas d’Ubuntu, l’instal·larem per mitjà del paquet “wine-1.2” pel Synaptic. Si ens sentim més còmodes fent-ho des del terminal, podem fer executar la comanda següent:

sudo apt-get install wine-1.2

Per tal de fer funcionar Spotify, des de la seva web ens recomanen canviar la configuració de so del Wine. Hem d’anar al menú “Aplicacions>Wine>Configureu el Wine” i seleccionar la pestanya “Audio”. En les opcions que hi ha a l’apartat “DirectSound”, ens recomanen posar els següents valors:

Hardware acceleration: Emulation
Default Rate Sample: 44100
Default Bits Per Sample: 16
Driver Emulation: Desmarcat

De tota manera, a mi m’ha funcionat correctament sense modificar aquestes configuracions respecte dels seus valors predeterminats. Ara ja podem baixar-nos la versió de Spotify per a Windows, que trobarem a la secció de descàrregues de Spotify. El millor és deixar el fitxer al directori “/home/el_nostre_usuari/.wine/drive_c”. Si l’hem desat en aquest directori, hi arribarem directament des del menú “Aplicacions>Wine>Navegueu per l’unitat C:”, on trobareu el fitxer descarregat. Feu-hi doble clic, i començarà la instal·lació del programa.

Un cop instal·lat, podrem executar el programa des del menú “Aplicacions>Wine>Programs>Spotify”.

Pantalla principal de Spotify

Pantalla principal de Spotify

Un cop introduïm el nostre usuari de Spotify, ja podrem començar a escoltar música. Per aquells que no tingueu usuari de Spotify, per poder-ne aconseguir un de gratuït en principi necessiteu una invitació (no així per a obtenir un usuari Premium, de pagament però sense publicitat). De tota manera, he trobat un petit truc per a poder donar d’alta un usuari gratuït sense invitació, i és fer-ho directament des d’aquest enllaç.

El funcionament del programa és molt senzill, i no cal explicar-lo massa. A més, tot i funcionar des de Wine, va molt ràpid i fi. La veritat és que crida l’atenció la quantitat de música que hi ha pujada a Spotify. Us recomano que el proveu.

Apart del propi programa oficial de Spotify, des de la comunitat s’està treballant en programes per a Spotify que s’executin de forma nativa en Linux. Un dels més coneguts és Despotify, però n’hi ha d’altres com OpenSpotify o Jotify (fet amb Java, i que fa força bona pinta). De tota manera, aquests projectes encara estan una mica verds i, per temes de llicències, només es poden utilitzar amb comptes Premium.

Font: Narnau al fòrum de Cobert.cat

Us heu trobat amb aquest molest problema? Jo sí, i cada vegada que inicio algun d’aquests clients, em canvia el nick que tinc posat sempre per la meva adreça de correu electrònic… i és força molest! Per sort hi he trobat una petita solució provisional.

No sé ben bé perquè passa, però googlejant una mica he trobat que sembla ser que el protocol MSN (que com ja sabeu, és privatiu i de codi tancat) ha canviat alguna cosa i ara el servidor des del qual el nostre client de missatgeria instantània es baixa la informació del nickname, ha canviat… i quin és aquest servidor? Doncs només ho sap el client privatiu de Microsoft, el LiveMSN, i els nostres clients oberts no troben la informació i per posar alguna cosa, posen el correu.

Per sort, si utilitzeu un correu de Hotmail, es pot corregir amb una petita trampa. Aneu a qualsevol pàgina de Microsoft (per exemple a mail.live.com) i llavors aneu a Perfil -> Detalls -> Nom, i us editeu el nom, canviant-lo pel nickname que volgueu.

A partir d’ara, cada vegada que inicieu el vostre client de missatgeria instantània, us recordarà el nick correcte, però heu de tenir en compte que cada vegada que envieu un correu, el nickname us apareixerà com el vostre nom propi. És una mica molest, però si funciona…

Una altra alternativa és utilitzar un protocol de missatgeria obert, com Jabber, en el que sí podem saber amb què treballem i com i quina informació hi circula… però clar, jo cada vegada que suggereixo als meus amics que deixin el MSN, em quedo sense amics, per tant, at your own risk… 😉

Salut i alliberament!

Després de molt de temps, ha estat alliberada una nova versió del Thunderbird, el client de correu electrònic de Mozilla. I dic molt de temps perquè la darrera versió definitiva va ser alliberada a l’abril del 2007. Seguint la cronologia, al maig de 2008 va sortir la primera versió alpha del Thunderbird 3. Des de llavors, el desenvolupament de Thunderbird 3, que habitualment he seguit des del bloc FirefoxCAT, ha anat força a poc a poc.

Tot i aquest retard, no hi ha dubte que el Thunderbird és un dels millors programes client de correu electrònic. Algunes de les millores d’aquesta nova versió del Thunderbird són les següents:

  • Gestió del correu electrònic per mitjà de pestanyes
  • Millores en la cerca en els correus
  • Utilització de carpetes intel·ligents
  • Facilitat per afegir contactes a la llibreta d’adreces
  • Recordatori d’adjuncions

I n’hi ha més. Us recomano que llegiu la llista completa de característiques d’aquesta nova versió.

Pantalla principal del Thunderbird 3.0

Pantalla principal del Thunderbird 3.0

Per instal·lar-vos aquesta nova versió del Thunderbird, de moment teniu un parell d’opcions, encara que cap de les dues no m’acaba de convèncer.

D’una banda, a la pàgina principal del Thunderbird us podeu baixar el programa compilat (amb un fitxer .tar.bz2). Per executar el Thunderbird, només heu de descomprimir el fitxer que us heu acabat de descarregar en qualsevol carpeta. Dins aquesta carpeta, hi ha el fitxer “thunderbird”, que és el que heu d’executar. És a dir, si heu descomprimit el fitxer a la carpeta “/home/el_vostre_usuari/Thunderbird”, per a executar el Thunderbird 3.0 només heu d’executar des d’un terminal el següent:

/home/el_vostre_usuari/Thunderbird/thunderbird

Amb aquest executable, també us podeu crear una entrada al menú principal. A més, trobareu el programa traduït al català. El problema amb aquesta forma d’instal·lació és que no tindrem actualitzacions automàtiques.

L’altra forma que hi ha és configurar un repositori PPA del Launchpad. Per a fer-ho, executem la comanda següent:

sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-mozilla-daily

Un cop afegit aquest repositori, refresquem la llista de paquets, i instal·lem el paquet “thunderbird-3.0”:

sudo apt-get update
sudo apt-get install thunderbird-3.0

Tindrem el Thunderbird al menú “Aplicacions>Internet>Shredder 3 Mail/News”.

De tota manera, la configuració d’aquest repositori té un parell de desavantatges. D’una banda, és un repositori “daily”. Això vol dir que cada dia s’actualitza amb l’última versió que hi hagi del programa.  És a dir, no espera que hi hagi una actualització “oficial”, i això pot provocar que, en alguns casos (normalment no massa sovint) hi hagi alguna actualització que no s’hagi provat massa, i que provoqui algun tipus d’inestabilitat en el programa. L’altre problema ve del fet que, juntament amb el mateix repositori, també hi ha actualitzacions del Firefox, de manera que podem trobar-nos amb algun tipus d’inestabilitat en aquest programa, també. A més, aquesta versió per repositori no ve traduïda al català, i us haureu de baixar el paquet d’idioma.

Crec que el millor és esperar que hi hagi algun repositori específic per al Thunderbird, i que no sigui “daily”, però us he volgut posar les dues opcions que he trobat fins ara, per tal que pugueu utilitzar-les si us interessa. Segurament, la millor és baixar-se el programa de la web del Thunderbird.

Font: Ikhaya

El Firefox és un gran navegador però, sobretot des de fa unes versions, el seu rendiment és millorable. Els desenvolupadors del projecte Swiftfox també van pensar el mateix, i des de ja fa força temps, posen a la nostra disposició el navegador Swiftfox. Bàsicament, és el mateix Firefox, però aplicant-li unes certes optimitzacions, que fan que s’executi més ràpid. Amb Swiftfox, per exemple, ens seguiran funcionant les extensions que tinguem instal·lades al Firefox. A més, quan hi ha una actualització del Firefox, al cap de pocs dies hi ha la corresponent del Swiftfox.

Logo del SwiftfoxEl Swiftfox no es troba en els repositoris oficials d’Ubuntu, però sí que en té uns de propis per a poder-lo instal·lar. Per a fer-ho, s’ha d’editar el fitxer sources.list per mitjà de la comanda següent:

sudo gedit /etc/apt/sources.list

Al final d’aquest fitxer, cal afegir la línia següent:

deb http://getswiftfox.com/builds/debian unstable non-free

Quan configurem aquest repositori, hem d’obrir el Synaptic. Primer, hem de refrescar la informació dels repositoris per mitjà del botó “Refresca”. Després, fem una cerca per nom de paquet “swiftfox”. Veurem que en troba uns quants. Això és degut a que el swiftfox ens proporciona diversos paquets, optimitzats i personalitzats segons el tipus de processador que tenim. Per exemple, en el meu ordinador, que és un AMD de 64 bits, però amb Ubuntu de 32 bits, he instal·lat el paquet “swiftfox-athlon64-32bits”, i en el meu netbook, que té un Intel Atom he instal·lat el “swiftfox-prescott”. Si voleu saber quin paquet heu d’instal·lar en el vostre ordinador, reviseu la llista completa de correspondències.

Un cop instal·lat, podem executar-lo des del menú “Aplicacions>Internet>Swiftfox”. No hi veureu gaire diferències respecte del Firefox. Fins i tot utilitzarà les extensions que hi teníem instal·lades. Les dues úniques coses que en principi no respecta són els paquets d’idioma i els diccionaris, però només cal tornar-los a instal·lar. A Softcatalà podeu trobar tant el paquet d’idioma català com el diccionari català.

El que sí tindreu és un navegador idèntic al Firefox, però que triga força menys en engegar, i que carrega les pàgines web molt més ràpid.

ExPASy és el Sistema Expert d’Anàlisi de Proteïnes (Expert Protein Analysis System). ExPASy és el servidor de proteòmica de l’Institut Suís de Bioinformàtica que analitza seqüències i estructures de proteïnes. El servidor consta bàsicament de quatre seccions: eines i programari per treballar amb proteïnes, bases de dades, educació i serveis, i documentació.

Potser la característica més important que ens ofereix ExPASy són les seves eines de treball sobre qualsevol aspecte de les proteïnes. Aquest servidor web és un referent en el món de les proteïnes.

http://www.expasy.ch/people/personal/nguex/c24_700x875.jpeg

Si accedim a la secció d’eines veurem la dimensió del projecte. En aquesta secció hi ha classificades totes les eines que es poden utilitzar lliurement. Podem identificar i caracteritzar una proteïna seguint diferents models, podem obtenir la proteïna resultant d’una seqüència de ADN, podem fer cerques per alineament, cerques per perfil i patró, predicció de modificacions post-traduccionals i predicció de la topologia de les proteïnes.

A més a més, podem fer anàlisis sobre els diversos nivells estructurals de les proteïnes: anàlisi d’estructura primària, predicció d’estructura secundària, anàlisi i predicció d’estructura terciària, anàlisi d’estructura quaternària i visualització de proteïnes.

Però la llarga llista d’eines no s’acaba aquí perquè encara podem trobar més eines per fer alineaments de seqüències simples i múltiples, anàlisis filogenètics i anàlisi de característiques molt precises de les proteïnes.

Secció d'eines per treballar sobre proteïnes que trobem a ExPASy

Secció d'eines a ExPASy, on es pot treballar sobre qualsevol aspecte de les proteïnes

La secció de bases de dades ens permet accedir a una gran quantitat de bases de dades de seqüències de proteïnes com UniProt Knowledgebase (Swiss-Prot i Trmbl) i Enzime, un repositori d’informació relativa a la nomenclatura d’enzims, que descriu cada tipus d’enzim caracteritzat per el que s’ha assignat un número EC (Enzyme Commission). També trobem altres bases de dades com ProSite, Swiss-2DPAGE, Swiss-Model Repository, ViralZone i altres. Els servidors web sempre trobem molta informació en bases de dades que estàn interconnectades, cosa que permet globalitzar la informació i tenir-ne un ràpid i fàcil accés. També és important remarcar que el servidor funciona en col·laboració amb l’Institut Europeu de Bioinformàtica des de l’1 d’agost de 1993.

En la secció d’educació i serveis hi podem trobar diverses eines d’obtenció de seqüències, divulgació de ciència popular, un portal d’aprenentatge de bioinformàtica i proteòmica (e-Proxemis) i fins i tot un joc, Swiss-Quiz. Per últim, en la secció de doumentació trobem una gran quantitat de documents on hi trobem informació de caracter general, sobre nomenclatura i sobre característiques específiques d’algunes espècies.

A vegades ens pot interessar inserir un vídeo en format Flash en una web. Normalment, el procediment que s’utilitza per fer-ho consisteix en apujar el nostre vídeo al famós portal de vídeos youtube, per després inserir el codi HTML a la pàgina web on volem mostrar el vídeo.

Però aquest no és l’únic mètode que tenim per fer-ho. Si no volem passar per l’empresa youtube i confiar-li l’hostatjament i la propietat del nostre vídeo, tenim una altra solució, que consisteix en apujar el vídeo al nostre servidor web, i a través d’aquest codi, cridar-lo. Així ens estalviem haver de passar per la xarxa social de vídeos youtube, ara bé, pot ser que la seva reproducció no vagi tan fina com si ho féssim a través d’una pàgina web especialitzada en mostrar vídeos.

Aquí veiem el codi que hem d’inserir per visualitzar el vídeo prova.flv. Recordem que si hem penjat aquest vídeo a través del gestor de Mèdia del WordPress haurem de ficar que l’arxiu està en una ruta del tipus /gnlcontent/uploads/2009/11/prova.flv.

<object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" width="425" height="344" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,40,0">
<param name="src" value="/prova.flv" />
<embed type="application/x-shockwave-flash" width="425" height="344" src="/porva.flv"></embed></object>

El Links és un navegador d’Internet lliure, que ens permet visualitzar les pàgines web directament des d’un terminal. La seva utilització és molt senzilla, i ens pot servir tant si tenim un servidor on no hem instal·lat entorn gràfic, com si tenim problemes amb aquest des del nostre ordinador habitual. La seva instal·lació és molt senzilla, perquè es troba en els repositoris oficials de la majoria de distribucions. Per a Ubuntu, us podeu instal·lar aquest programa per mitjà del paquet links2 a través de Synaptic o, si ho preferiu, des d’un terminal, executant la comanda següent:

sudo apt-get install links2

Per a executar aquest programa, només cal anar a un terminal i passar-li com a paràmetre l’URL que voleu visualitzar. Per exemple, per anar a alliberats.cat, executaríem el següent:

links2 alliberats.cat

Un cop dins el programa, podem navegar pels seus enllaços com en qualsevol navegador. Per sortir del programa, hem de prémer la lletra “q”. Si premem la tecla “Esc” ens apareixerà el típic menú dels navegadors, a través del qual podrem anar a altres URLs, gestionar les descàrregues o configurar la connexió.

alliberats.cat oberta amb el links2

alliberats.cat oberta amb el Links

Com es veu en la pantalla anterior, el Links no detecta automàticament l’idioma del nostre ordinador, i mostra el menú en anglès. Per a que es mostri en català, seleccionem l’opció de menú “Setup>Language>Catalan” i desem aquesta opció per mitjà del menú “Configurar>Desar opcions”.

Si us heu fixat, tot i que en tot moment estic parlant del Links, realment hem instal·lat el paquet “links2”, que és el mateix programa Links, però compilat de manera que visualitzar també les imatges de les webs per mitjà del paràmetre “-g”. És a dir, podríem obrir la nostra web d’aquesta manera:

links2 -g alliberats.cat

alliberats.cat amb imatges amb links2

alliberats.cat amb imatges amb Links

Per últim, hi ha un programa derivat del Links prou interessant. Es diu Elinks (també disponible a través de repositoris) i, tot i que no permet la visualització d’imatges com el links2, té altres característiques prou interessants com permetre tenir obertes diverses pestanyes alhora i la navegació privada. El “problema” que li trobo és que se li ha de posar el “http://” a l’URL que es vol visitar (no així amb el Links).

El Banc de Dades de Proteïnes (Protein Data Bank, PDB) és el repositori central internacional de totes les estructures de proteïnes (i àcids nucleics) que s’han caracteritzat experimentalment.

Les dades de les estructures es guarden en un format específic estàndard per representacions d’estructures de macromolècules determinades bàsicament mitjançant dos mètodes: per Difracció de Rajos X i per Ressonància Magnètica Nuclear.
http://www.iucr.org/__data/assets/image/0004/17158/PDB-logo.jpg

Aquestes dades sobre les característiques i les estructures de les proteïnes són enviades pels científics i els centres d’investigació de tot el món. Cada dia es rep la informació d’unes quantes proteïnes recentment descobertes o estudiades, i la base de dades és actualitzada cada setmana. Actualment, PDB conté la informació de prop de 60.000 proteïnes.

La pàgina web de PDB també ens proporciona una àmplia varietat d’eines i recursos. Els usuaris poden realitzar cerques  simples o avançades, basades en anotacions relacionades amb la seqüència, estructura i funció de les proteïnes. També es pot buscar segons el codi de cada proteïna, atorgat per la base de dades de PDB, o per altres paràmetres.

Fitxa PDB de la Hemoblobina humana adulata

Fitxa PDB de la Hemoglobina humana adulata

Un cop trobada la proteïna que ens interessa, podem visualitzar-la i analitzar-la. Cada proteïna té una fitxa pròpia molt completa on apareix en primer lloc un resum sobre totes les seves característiques. Si es vol, es pot aprofundir en cadascun dels apartats que són: una intensiva descripció molecular de la proteïna, sistema de classificació segons diversos mètodes, la seva representació en tres dimensions, informació sobre la seqüència d’aminoàcids, semblança amb altres proteïnes, informació química i bioquímica, geometria de la macromolècula, mètodes d’obtenció de la informació, literatura en la qual apareix la proteïna i diversos links on podem trobar la mateixa proteïna.

A més a més, la informació de cada proteïna es pot visualitzar i descarregar en diversos formats d’estructura de proteïnes. Els dos formats més habituals són el format .PDB (no confondre amb la base de dades de proteïnes) i el .FASTA (no confondre amb el programa d’alineament de proteïnes). Un cop descarregada la informació de la proteïna que ens interessi, la podem visualitzar amb més precisió gràcies a programes com el RasMol o el JMol.

Tota la informació que hi ha en aquesta base de dades està sota domini públic i pot ser utilitzada lliurement pels usuaris.

Potser us passa com a mi, i trobeu que la lletra del sistema que se us mostra quan acabeu d’instal·lar l’Ubuntu 9.10 Karmik Koala és com a gruixuda i difuminada, i costa de llegir.

Per tant, el que segurament com jo haureu fet, és anar a:

Sistema > Preferències > Aparença > Tipus de lletra > Detalls > Contorn > Complet

Fins aquí tot bé. Aconseguim una lletra més fina i més fàcil de llegir. Això ens va molt bé perquè al firefox se’ns pot fer pesada la navegació amb aquesta visualització de la lletra.

Però la sorpresa ens arriba quan observem que la lletra al Firefox es continua mostrant gruixuda i difuminada. Això sembla ser que passa perquè el Firefox que ens ve amb el Karmik, està compilat sense que utilitzi la visualització general del sistema pel tipus de lletra que utilitza el motor Cairo.

Per arreglar-ho és tan fàcil com executar aquestes comandes.

cd /etc/fonts/
sudo mv conf.d/10-hinting-slight.conf .
sudo ln -s conf.avail/10-hinting-slight.conf conf.d/
sudo mv conf.d/10-hinting.conf .
sudo ln -s conf.avail/10-hinting.conf conf.d/
sudo dpkg-reconfigure fontconfig

Font: http://ubuntuforums.org/showthread.php?p=7094387