El teu blog de Linux en català

El servidor d'anàlisi de proteïnes per excel·lència (ExPASy)

ExPASy és el Sistema Expert d’Anàlisi de Proteïnes (Expert Protein Analysis System). ExPASy és el servidor de proteòmica de l’Institut Suís de Bioinformàtica que analitza seqüències i estructures de proteïnes. El servidor consta bàsicament de quatre seccions: eines i programari per treballar amb proteïnes, bases de dades, educació i serveis, i documentació.

Potser la característica més important que ens ofereix ExPASy són les seves eines de treball sobre qualsevol aspecte de les proteïnes. Aquest servidor web és un referent en el món de les proteïnes.

http://www.expasy.ch/people/personal/nguex/c24_700x875.jpeg

Si accedim a la secció d’eines veurem la dimensió del projecte. En aquesta secció hi ha classificades totes les eines que es poden utilitzar lliurement. Podem identificar i caracteritzar una proteïna seguint diferents models, podem obtenir la proteïna resultant d’una seqüència de ADN, podem fer cerques per alineament, cerques per perfil i patró, predicció de modificacions post-traduccionals i predicció de la topologia de les proteïnes.

A més a més, podem fer anàlisis sobre els diversos nivells estructurals de les proteïnes: anàlisi d’estructura primària, predicció d’estructura secundària, anàlisi i predicció d’estructura terciària, anàlisi d’estructura quaternària i visualització de proteïnes.

Però la llarga llista d’eines no s’acaba aquí perquè encara podem trobar més eines per fer alineaments de seqüències simples i múltiples, anàlisis filogenètics i anàlisi de característiques molt precises de les proteïnes.

Secció d'eines per treballar sobre proteïnes que trobem a ExPASy

Secció d'eines a ExPASy, on es pot treballar sobre qualsevol aspecte de les proteïnes

La secció de bases de dades ens permet accedir a una gran quantitat de bases de dades de seqüències de proteïnes com UniProt Knowledgebase (Swiss-Prot i Trmbl) i Enzime, un repositori d’informació relativa a la nomenclatura d’enzims, que descriu cada tipus d’enzim caracteritzat per el que s’ha assignat un número EC (Enzyme Commission). També trobem altres bases de dades com ProSite, Swiss-2DPAGE, Swiss-Model Repository, ViralZone i altres. Els servidors web sempre trobem molta informació en bases de dades que estàn interconnectades, cosa que permet globalitzar la informació i tenir-ne un ràpid i fàcil accés. També és important remarcar que el servidor funciona en col·laboració amb l’Institut Europeu de Bioinformàtica des de l’1 d’agost de 1993.

En la secció d’educació i serveis hi podem trobar diverses eines d’obtenció de seqüències, divulgació de ciència popular, un portal d’aprenentatge de bioinformàtica i proteòmica (e-Proxemis) i fins i tot un joc, Swiss-Quiz. Per últim, en la secció de doumentació trobem una gran quantitat de documents on hi trobem informació de caracter general, sobre nomenclatura i sobre característiques específiques d’algunes espècies.

3 comments

  1. Reply

    Hola Roger, sóc l’Antoni Gandia, de classe, he entrat ací seguint la teua recomanació i m’has sorprès, el web aquest està de meravella i els teus articles m’han agradat força, tot plegat em servirà per repassar i aprendre una mica d’aquesta assignatura. Ara per ara, seguisc verd en totes les matèries, hehe!

    Gràcies company, ens veiem a l’aula! =)

    • roger on 30 de Novembre de 2009 at 00:10

    Reply

    Hola Antoni!

    Me n’alegro que t’hagi agradat el bloc. Si els articles que escrivim aquí serveixen una mica a la gent que ens visita ja estem contents, d’això es tracta!!! Només dir-te que benvingut al bloc, i com tu has dit, ens veiem per classe. Que vagi bé!

  2. Reply

    Sóc usuari d’Ubuntu, així que també em quedaré per ací per aprendre tot el que puga sobre GNU/Linux. Estic descobrint coses realment interessants gràcies als vostres articles.

Deixa un comentari

Your email address will not be published.