El Banc de Dades de Proteïnes (Protein Data Bank, PDB) és el repositori central internacional de totes les estructures de proteïnes (i àcids nucleics) que s’han caracteritzat experimentalment.
Les dades de les estructures es guarden en un format específic estàndard per representacions d’estructures de macromolècules determinades bàsicament mitjançant dos mètodes: per Difracció de Rajos X i per Ressonància Magnètica Nuclear.
Aquestes dades sobre les característiques i les estructures de les proteïnes són enviades pels científics i els centres d’investigació de tot el món. Cada dia es rep la informació d’unes quantes proteïnes recentment descobertes o estudiades, i la base de dades és actualitzada cada setmana. Actualment, PDB conté la informació de prop de 60.000 proteïnes.
La pàgina web de PDB també ens proporciona una àmplia varietat d’eines i recursos. Els usuaris poden realitzar cerques simples o avançades, basades en anotacions relacionades amb la seqüència, estructura i funció de les proteïnes. També es pot buscar segons el codi de cada proteïna, atorgat per la base de dades de PDB, o per altres paràmetres.
Fitxa PDB de la Hemoglobina humana adulata
Un cop trobada la proteïna que ens interessa, podem visualitzar-la i analitzar-la. Cada proteïna té una fitxa pròpia molt completa on apareix en primer lloc un resum sobre totes les seves característiques. Si es vol, es pot aprofundir en cadascun dels apartats que són: una intensiva descripció molecular de la proteïna, sistema de classificació segons diversos mètodes, la seva representació en tres dimensions, informació sobre la seqüència d’aminoàcids, semblança amb altres proteïnes, informació química i bioquímica, geometria de la macromolècula, mètodes d’obtenció de la informació, literatura en la qual apareix la proteïna i diversos links on podem trobar la mateixa proteïna.
A més a més, la informació de cada proteïna es pot visualitzar i descarregar en diversos formats d’estructura de proteïnes. Els dos formats més habituals són el format .PDB (no confondre amb la base de dades de proteïnes) i el .FASTA (no confondre amb el programa d’alineament de proteïnes). Un cop descarregada la informació de la proteïna que ens interessi, la podem visualitzar amb més precisió gràcies a programes com el RasMol o el JMol.
Tota la informació que hi ha en aquesta base de dades està sota domini públic i pot ser utilitzada lliurement pels usuaris.
