Jmol és una miniaplicació que ens permet visualitzar models i estructures  moleculars en pàgines web, a partir d’arxius de coordenades moleculars inclosos en aquestes mateixes pàgines. El gran avantage de Jmol és que no cal instal·lar-lo a l’ordinador (només cal tenir instal·lat Java), ja que les pàgines web on hi ha emmagatzemades les estructures de proteïnes ja l’acostumen a portar incorporat.

El programa ens permet visualitzar i explorar proteïnes interactivament. Ens mostra la proteïna que nosaltres vulguem en tres dimensions, i ens permet fer-la girar i poder-la veure des de totes les perspectives possibles.

Hi ha tres maneres diferents de controlar el programa. Amb el ratolí, on només hi trobarem les opcions més bàsiques com ara canviar l’angle de visió, fer el zoom i determinar les posicions dels àtoms que formen part de la proteïna. Amb un menú desplegable, on hi trobarem la gran majoria de les possibilitats que ens ofereix el programa. I finalment amb una consola, on podrem escriure les comandes que siguin del nostre interès seguint el mateix llenguatge que s’utilitza en el programa RasMol.

El menú desplegable és molt complet i és la principal eina que es fa servir. Des d’aquest menú podem dur a terme moltes accions. Per començar, hi podem llegir una breu descripció de la proteïna. Després, hi trobem les opcions d’Estil (on hi podem escollir la manera de representar la proteïna), de Color (es poden remarcar diverses estructures segons el color), de Superfícies (es poden visualitzar àtoms i enllaços que actuen sobre la superfície de la proteïna), d’Animació (permet veure els moviments que fa la proteïna quan es mostra activa) i de Mesures (es poden calcular distàncies entre dos punts de la proteïna).

Visualització de l'estructura de la proteïna insulina a través de Jmol

Per altra banda, en el menú desplegable també trobem altres opcions com són la de carregar arxius, desar imatges, canviar la llengua, obrir la consola, posar eixos en la imatge i moltes altres. Un altre avantatge que ens ofereix aquest programa és que està traduït al català.

Per tal que pugueu manejar en primera persona el programa, us presento la entrada de la famosa proteïna insulina a la Base de Dades de Proteïnes. Si cliqueu a l’enllaç, entrareu directament a la pàgina de la insulina on hi ha Jmol, i hi  podreu visualitzar la proteïna i observar totes les prestacions que el programa ens ofereix.

Si us ha agradat el programa, en podeu obtenir més informació a la Wiki del projecte. En aquest enllaç trobareu una guia que ensenyar a fer servir el programa d’una manera fàcil i didàctica. I ja per acabar, en aquest altre link trobareu un llistat de les pàgines web que utilitzen aquesta miniaplicació.

Jmol és de lliure distribució i codi obert. Es troba sota llicència GNU-LGPL. Jmol corre amb diversos sistemes operatius i en qualsevol navegador que reconeixi Java.